portsパッケージの更新状況を表示したところ、突然 libxml が obsoleted になっていると判明しました。
# portversion -vL= 省略 libxml-1.8.17_5 ? error - origin not found
pkgdb -F を試してみたところ、以下のようになって、2002年からメンテナンスされていないパッケージで、この12/5にportsから削除されたようです。UPDATING テキストを見ても情報無し。
# pkgdb -F ---> Checking the package registry database Stale origin: 'textproc/libxml': perhaps moved or obsoleted. -> The port 'textproc/libxml' was removed on 2013-12-05 because: "Has expired: No release since 2002, no support from upstream" -> Hint: libxml-1.8.17_5 is not required by any other package -> Hint: checking for overwritten files... -> No files installed by libxml-1.8.17_5 have been overwritten by other packages. Deinstall libxml-1.8.17_5 ? [no]
pkg_info -R で確認してみると、libxmlを必要としているパッケージは無さそうです。そもそも私が意図して入れたパッケージではなく、別のパッケージの依存関係でインストールされたはずです。
# pkg_info -R libxml-1.8.17_5 Information for libxml-1.8.17_5:
似たセットアップを行っている別のサーバーに libxml がインストールされているかどうかを確認してみても libxml2 はあるものの libxml は無し。単純に消去しても構わないでしょう。依存関係があるなら、コマンドでエラーが出てきて削除が停止するでしょう。
# pkg_delete libxml-1.8.17_5 #
やってみたら、あっさり消えました。